国务院南水北调工程建设委员会第二次全体会议明确，要按照政企分开、政事分开的原则，严格实行项目法人责任制、建设监理制、招标承包制和合同管理制。南水北调工程建设在项目法人的主导下，实行直接管理与委托管理相结合，大力推动代建制管理的新的建设管理模式。为发挥工程沿线各省市的积极性，对部分工程项目建设采用委托制，由项目法人以合同的方式将部分工程项目委托项目所在省市建设管理机构组织建设。对工程技术含量高、工期紧的跨河、跨路大型枢纽建筑物以及省际、市际边界工程，减少建管环节，由项目法人直接管理，以利于控制关键节点工程的建设。不论是实行直接管理还是委托制的项目，都要积极推行代建制。通过市场选择，充分发挥社会管理资源在工程建设中的作用。工程建设管理及运行管理，委托有资质有经验的建设管理单位或运行管理单位承担。代建制的推行，不仅有利于促进管理水平的提高，也为今后运行管理的资源配置预留了空间。采取新的建设管理模式是南水北调工程建设管理的实际需要，有利于发挥地方积极性，有利于提高工程建设管理的效率、降低建设管理成本和提高管理水平。

    从制度上讲，《南水北调工程建设管理的若干意见》也作出明确规定。其中第二十条规定，“南水北调主体工程建设采用项目法人直接管理、代建制、委托制相结合的管理模式。实行代建制和委托制的，项目法人委托项目管理单位，对一个或若干单项工程的建设进行全过程或若干阶段的专业化管理。项目管理单位在单项工程建设管理中的职责范围、工作内容、权限等，由项目法人与项目管理单位在合同中约定。南水北调主体工程建设项目代建和委托管理办法由南水北调办另行制定。”

    南水北调主体工程建设项目代建和委托管理办法已分别于2004年11月24日、25日由国务院南水北调办印发实施。